Рельеф этого района характеризуется преобладанием горных степей, расположенных главным образом по склонам Монгольского Алтая. Но уже большая часть территории сомонов Алтай, Уенч и Булган Ховдского аймака относится к Джунгарской Гоби, где преобладает настоящий сухой жаркий климат. В Гоби-Алтае горные степи занимают небольшие пространства, уступая место пустынным степям. Граница между Монгольским и Гобийским Алтаем проходит по Алаг-Нуру.

Гобийский Алтай продолжает Монгольский Алтай в том же направлении до Гоби на 1200 км. Он не является водоразделом и целиком расположен в пределах бассейна Центральной Азии. У границы с Гоби высота его заметно снижается, и он распадается здесь на невысокие кряжи и мелкосопочники, а дальше на восток превращается в отдельные холмы, возвышающиеся на го-бийских равнинах. Ширина Гобийского Алтая на северо-западе составляет 380 км, на юго-востоке - 50 км. Наивысшая точка района - хребет Тэргун-Богдо-Ула (Их-Богдо-Ула), высота которого 3957 м.

В горах Монгольского Алтая берут свое начало множество рек, но почти все они (кроме самой большой р. Кобдо) текут за пределы страны. Остальные реки Алтайского района или отдают свои воды озерам, или исчезают в грунте. Все они относятся к бассейну бессточных котловин Центральной Азии.

Главная река Алтайского района: Кобдо берет начало в ледниках Таван-Богдо-Ула Монгольского Алтая, ее протяженность - 516 км, площадь бассейна - 49 667 кв. км, впадает в оз. Хара-Ус. Ширина, глубина и скорость течения меняются в зависимости от осадков, выпадающих в ее бассейне. В горных долинах Монгольского Алтая находятся несколько достаточно крупных пресных озер: Ачит-Нур (311 кв. км), Толбо-Нур (185 кв. км), Даян (67 кв. км), Хотон-Нур (233 кв. км), группа озер Цаган-Нур и др.

У подножья хребтов Монгольского Алтая расположена котловина Больших озер, в которой насчитывается пять крупных озер. В северной части у подножия Танну-Ула расположено Увс - самое крупное озеро МНР, длина его -84 км, ширина - 79 км. Это замкнутый бессточный водоем площадью свыше 3350 кв. км на высоте 743 м, вода с высоким содержанием соли. Хребет Хан-Хохий отделяет Увс-Нур от пресноводных озер - Хар-Ус (площадь бассейна - 1760 кв. км) и Хар-Нур (530 кв. км), соленого Хяргас-Нур (1360 кв. км) и Дургун-Нур (300 кв. км). Кроме того, в районе много мелких пресных и соленых озер. Котловина Больших озер занимает площадь 105 750 кв. км. Здесь находится самое северное на земном шаре распространение пустынь (50,5° С. Ш.). По характеру рельефа этот район относится к полупустынным или пустынным степям - большие пространства его заняты песками. Встречаются массивы площадью более 4 тыс. кв. км (долина р. Нарийн-Гол).

Мир Монгольского Алтая многообразен. Алтайские горы - сложная природная система до сих пор еще мало изученная, без больших городов, асфальтовых дорог и заводов, а потому притягательная и завораживающая.